タスクバーに2つアイコンが表示された状態から、下記の操作を行います。

左側のGoogleChromeのアイコンを右クリックしてタスクバーからピン留めを外す

その後、右側のGoogleChromeアイコンを右クリックしてタスクバーにピン留めする

これで一つしか出なくなると思います。

ならない場合はChromeの再インストールを試してみてください。